コース概要

I. はじめにと準備事項

1。概要

    R をよりフレンドリーにする、R と利用可能な GUI Rstudio 関連ソフトウェアとドキュメント R と統計 R を対話的に使用する 入門セッション 関数や機能のヘルプを取得する R コマンド、大文字と小文字の区別など 以前のコマンドの呼び出しと修正 からのコマンドの実行または出力の流用ファイル データの永続性とオブジェクトの削除 GoOD プログラミングの実践: 自己完結型スクリプト、読みやすさの向上 (例: 構造化スクリプト、ドキュメント、パッケージのマークダウン インストール)。 CRAN とバイオコンダクター

2. データの読み込み

    Txt ファイル (read.delim) CSV ファイル

3. 簡単な操作。数値とベクトル + 配列

    ベクトルと割り当て ベクトル演算 規則的なシーケンスの生成 論理ベクトル 欠損値 文字ベクトル インデックス ベクトル。データセット配列のサブセットの選択と変更
配列のインデックス付け。配列のサブセクション
  • インデックス行列
  • array() 関数 + 乗算、転置などの配列に対する単純な演算
  • 他の種類のオブジェクト
  • 4. リストとデータフレーム
  • リスト リストの構築と変更 リストの連結

      データフレーム データフレームの作成
    データフレームの操作
  • 任意のリストの添付
  • 検索パスの管理
  • 5. データ操作
  • 観測値と変数の選択、サブセット化 フィルタリング、グループ化 再コーディング、変換 集計、データセットの結合 分割行列 cbind() および rbind() の形成 配列を使用した連結関数 () 文字操作、stringr パッケージ grep および regexpr への簡単な紹介
  • 6. データの読み取りの詳細

      XLS、XLSX ファイル readr および readxl パッケージ SPSS、SAS、Stata、…、その他の形式のデータ txt、csv、およびその他の形式へのデータのエクスポート

    6. グループ化、ループ、条件付き実行

      グループ化された式 制御ステートメント 条件付き実行: if ステートメント 反復実行: for ループ、repeat、および while の apply、lapply、sapply、tapply のイントロ

    7. 機能

      関数の作成 オプションの引数とデフォルト値 可変の引数 スコープとその結果

    8. R のシンプルなグラフィックス

      グラフの作成 密度プロット ドットプロット 棒プロット 折れ線グラフ 円グラフ 箱ひげ図 散布図 プロットの結合

    II. R での統計分析

      1. 確率分布

    統計テーブルの集合としての R データ集合の分布の調査

    2. 仮説の検証

      母集団平均尤度比検定 1 サンプルおよび 2 サンプル検定 カイ 2 乗 Go 適合度検定 コルモゴロフ-スミルノフ 1 サンプル統計 ウィルコクソン符号付き順位検定 2 サンプル検定 ウィルコクソン順位和検定 マン-ホイットニーコルモゴロフ・スミルノフ検定をテストする

    3. 仮説の多重検定

      タイプ I エラーおよび FDR ROC 曲線および AUC 複数のテスト手順 (BH、Bonferroni など)

    4. 線形回帰モデル

      モデル情報を抽出するための汎用関数 近似モデルの更新 一般化線形モデル ファミリ glm() 関数

    分類ロジスティック回帰

      線形判別分析
    教師なし学習の主成分分析
  • クラスタリング手法(k-means、階層的クラスタリング、k-medoids)
  • 5. 生存分析(生存パッケージ)
  • r における生存オブジェクト カプラン マイヤー推定、ログランク テスト、パラメトリック回帰 信頼帯 打ち切り (区間打ち切り) データ分析 Cox PH モデル、定数共変量 Cox PH モデル、時間依存共変量 シミュレーション: モデルの比較 (回帰モデルの比較)
  • 6. 分散分析
  • 一元配置分散分析 分散分析の二元配置分類 MANOVA
  • Ⅲ.バイオインフォマティクスにおける取り組んだ問題

      limma パッケージの簡単な紹介 マイクロアレイ データ解析ワークフロー GEO からのデータ ダウンロード: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE1397 データ処理 (QC、正規化、微分表現) ボルケーノ プロット カスタリング例 + ヒートマップ
      28 時間
     

    参加者の人数


    開始

    完了


    Dates are subject to availability and take place between 10:00 and 17:00.
    Open Training Courses require 5+ participants.

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