微生物ゲノミクスとメタゲノミクスの入門のトレーニングコース

微生物ゲノミクスの入門

• 微生物ゲノミクスとメタゲノミクスの概要
• 配列技術と一般的な研究設計
• 主要なファイル形式とデータ組織化

品質管理と前処理

• リード品質の評価とトリミング
• 主機種除去と汚染スクリーニング
• リードの正規化と後続の考慮事項

種類プロファイリングアプローチ

• MetaPhlAnを使用したマーカーに基づくプロファイリング
• Kraken2とBrackenを使用したk-merおよび分類方法
• プロファイリング出力の比較と可視化

メタゲノムアセンブリとバイニング（概要）

• アセンブリ戦略とSPAdesの使用
• コンティグバイニング概念と一般的なツール（概要）
• アセンブリ品質と完全性の評価

ゲノム注釈とMLST

• Prokkaを使用したゲノム注釈
• MLSTの実施とシーケンスタイプの解釈
• 結果共有用のレポート作成

SNPコールと系統学

• Snippyを使用したマッピングベースのSNPコールワークフロー
• IQ-TREEを使用した系統樹作成
• iTOLを使用した樹形図の可視化と解釈

抗生物質耐性と機能プロファイリング

• AMRFinderPlus、CARD、ResFinderを使用したAMR遺伝子検出
• 機能プロファイルと経路要約
• 耐性と機能注釈のレポート作成

再現可能なワークフローと最善の実践

• Conda、Docker、およびパイプラインテンプレートを使用した再現性
• データ管理、メタデータ基準、FAIR原則
• クラウドリソースとノートブックを使用した分析のスケーリング

ケーススタディと実践的なラボ

• 生データから系統群テーブルまでの16S/18Sアンプリコン分析
• サンプル間のメタゲノムプロファイリングと比較分析
• ゲノムアセンブリ、注釈、SNP系統学、AMRレポート作成

まとめと次ステップ