日本のMicrobial Genomicsトレーニング

微生物ゲノミクスとメタゲノミクスは、配列技術と計算解析を組み合わせて微生物コミュニティのプロファイルを作成し、ゲノムを特徴付け、抗生物質耐性などの機能特性を検出します。

このインストラクター主導のライブトレーニング（オンラインまたはオンサイト）は、微生物ゲノミクスとメタゲノム配列データの実践的な解析を希望する初心者から中級レベルの研究者やバイオインフォマティシャンを対象としています。

このトレーニングが終了した際、参加者は以下のことを行えるようになります：

• 微生物ゲノミクスで使用される一般的な配列ワークフローと主要なファイル形式を説明する。
• 生のNGSリードの品質管理と前処理を行う。
• マーカーに基づくアプローチやk-merアプローチを使用して系統群プロファイリングを行う。
• 微生物ゲノムとプラズミドの組み立てと注釈を行う。
• SNPを検出し、系統樹を作成し、集団構造を解釈する。
• 抗生物質耐性遺伝子を予測し、機能プロファイルを要約する。
• Conda、Docker、およびノートブックベースのレポートを使用して再現可能なワークフローを実装する。

コース形式

• 概念とツールの紹介（20%）
• 例データセットを使用した実践的なセッション（60%）
• メソッドを自身のデータに適用するためのオープンディスカッションとガイダンス分析（20%）

コースのカスタマイズオプション

• 臨床、環境、または産業メタゲノミクスに焦点を当てたカスタマイズされたワークショップをご希望の場合は、お問い合わせください。