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コース概要
I. 導入と準備
1. 概要
- Rをより使いやすくする方法、Rと利用可能なGUI
- RStudio
- 関連ソフトウェアとドキュメント
- Rと統計学
- インタラクティブにRを使用する
- 初歩的なセッションの実行
- 関数や機能に関するヘルプを取得する
- Rコマンド、大文字小文字の区別など
- 以前のコマンドの呼び出しと修正
- ファイルからのコマンド実行または出力のリダイレクト
- データの永続性とオブジェクトの削除
- 良いプログラミング習慣:自己完結型スクリプト、読みやすさ(構造化されたスクリプト、ドキュメント、Markdown)
- パッケージのインストール;CRANとBioconductor
2. データの読み込み
- テキストファイル (read.delim)
- CSVファイル
3. 単純な操作;数値とベクトル + 配列
- ベクトルと代入
- ベクトルの算術演算
- 規則的なシーケンスの生成
- 論理ベクトル
- 欠損値
- 文字列ベクトル
- インデックスベクトル;データセットのサブセットの選択と変更
- 配列
- 配列のインデックス。配列の部分セクション
- インデックス行列
- array()関数と配列の簡単な操作(乗算、転置など)
- その他のオブジェクトの種類
4. リストとデータフレーム
- リスト
- リストの構築と変更
- リストの連結
- データフレーム
- データフレームの作成
- データフレームでの作業
- 任意のリストのアタッチ
- 検索パスの管理
5. データ操作
- 観測値と変数の選択、サブセット化
- フィルタリング、グループ化
- 再コーディング、変換
- 集約、データセットの結合
- 分割行列の形成、cbind()とrbind()
- 配列用の連結関数 ()
- 文字列操作、stringrパッケージ
- grepとregexprの簡単な紹介
6. データの読み込み(詳細)
- XLS, XLSXファイル
- readr と readxlパッケージ
- SPSS、SAS、Stataなどその他のフォーマットのデータ
- txt、csvおよびその他のフォーマットへのデータエクスポート
6. グループ化、ループ、条件付き実行
- グループ化された式
- 制御文
- 条件付き実行:if文
- 反復処理:forループ、repeat、while
- apply、lapply、sapply、tapplyの紹介
7. 関数
- 関数の作成
- オプション引数とデフォルト値
- 可変引数
- スコープとその影響
8. Rでの単純なグラフィックス
- グラフの作成
- 密度プロット
- ドットプロット
- 棒グラフ
- 折れ線グラフ
- 円グラフ
- ボックスプロット
- 散布図
- 複数のプロットを組み合わせる
II. Rでの統計解析
1. 確率分布
- Rとしての統計表セット
- データセットの分布を調査する
2. 仮説検定
- 母集団平均に関する検定
- 尤度比検定
- 一標本と二標本の検定
- カイ二乗適合度検定
- コルモゴロフ-スミルノフ一標本統計量
- ウィルコクソン符号付順位検定
- 二標本検定
- ウィルコクソン順位和検定
- マン-ホイットニー検定
- コルモゴロフ-スミルノフ検定
3. 複数の仮説検定
- I型エラーとFDR(False Discovery Rate)
- ROC曲線とAUC
- 複数の検定手順(BH、Bonferroniなど)
4. 線形回帰モデル
- モデル情報抽出用の汎用関数
- 適合モデルの更新
- 一般化線形モデル
- ファミリー
- glm()関数
- 分類
- ロジスティック回帰
- 線形判別分析
- 教師なし学習
- 主成分分析
- クラスタリング手法(k平均法、階層的クラスタリング、k-メドイド)
5. 生存解析 (survivalパッケージ)
- Rでの生存オブジェクト
- Kaplan-Meier推定、対数ランク検定、母集団回帰
- 信頼帯
- 検閲(区間検閲)データの解析
- Cox PHモデル、固定コバリアント
- Cox PHモデル、時間依存コバリアント
- シミュレーション:モデル比較 (回帰モデルの比較)
6. 分散分析
- 一元配置分散分析(One-Way ANOVA)
- 二元配置分散分析(Two-Way ANOVA)
- 多変量分散分析(MANOVA)
III. 生物情報学のための演習問題
- limmaパッケージの簡単な紹介
- マイクロアレイデータ解析ワークフロー
- GEOからデータダウンロード: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE1397
- データ処理(品質管理、正規化、差動表現)
- ボルケーノプロット
- クラスタリングの例 + ヒートマップ
28 時間
お客様の声 (5)
それは情報的で役立つものでした
Brenton - Lotterywest
コース - Building Web Applications in R with Shiny
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トレーニングのテーマに関連する多くの例と演習。
Tomasz - Ministerstwo Zdrowia
コース - Advanced R Programming
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1日目と2日目は私にとって非常にわかりやすく、その経験を本当に楽しむことができました。
Mareca Sithole - Africa Health Research Institute
コース - R Fundamentals
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ペースはちょうど良く、リラックスした雰囲気で候補者は質問をするのに適していました。
Rhian Hughes - Public Health Wales NHS Trust
コース - Introduction to Data Visualization with Tidyverse and R
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問題はよく整理され、順序立てて説明されました。
Marylin Houle - Ivanhoe Cambridge
コース - Introduction to R with Time Series Analysis
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